在规划避难所时，空间利用率是首要考虑的问题。每一层的空间有限，电梯会占用格子，而房间通常占据两格或三格。为了最大化利用空间，建议每层安排两个大房间、一个中房间和两个电梯。大房间通常由三个相同的小房间合并而成，这样不仅能提高生产效率，还能减少升级成本。相同类型的房间尽量集中布置，比如电力、食物和水资源的生产区可以分区域管理，避免杂乱无章。
火灾、蟑螂和强盗等事件会随机发生，如果房间过于分散或无人值守，灾难可能蔓延到相邻区域。生产类房间如电厂、餐厅和水站最好安排高属性居民驻守，这样既能提高效率，又能在灾难发生时快速应对。仓库和宿舍这类非生产房间可以放在下层，因为它们不常需要管理，且灾难影响较小。
居民的训练和属性分配也需要纳入布局规划。训练室应集中布置在中间层，方便居民在训练和工作之间快速切换。比如力量训练室靠近电厂，敏捷训练室靠近餐厅，这样训练完的居民可以直接投入生产。高耐力居民适合外出探险，而高幸运居民更适合留在资源房间，以提高瓶盖获取概率。
资源生产的优先级决定了房间的建造顺序。电力是避难所运转的基础，建议优先建造并升级大容量的电厂。食物和水紧随其后，但电力需求通常更高，因此第一层可以全部用作电力生产区。后期解锁的核子可乐工厂是高效资源建筑，可以替代早期的餐厅和水站，但需要合理规划位置，避免频繁调整布局。
广播站在前期能加速人口增长，但后期可能成为负担，可以考虑拆除或降级。医疗室和科学实验室则应靠近训练区或探险准备区，方便居民快速治疗或制作药品。神秘人出现时，及时点击能获得大量瓶盖，因此保持避难所整洁有序有助于快速定位。
