隐藏道具和特殊机制是游戏的核心秘密之一。冶炼石（ミスリルぎん）是早期关键道具，可在后山高塔塔后中间偏左的位置向上调查获得，后续还能在卡拉木城监狱秘道、王宫地裂后的小裂缝等多处找到。这类道具用于强化角色属性，例如船头桶中的疾风鸡肉（はやてのチキン）可提升敏捷度，而山洞中的力量酒（ちからのフィン）能增加攻击力。隐藏道具的获取往往需要细致探索，例如监狱桌子下的木屐（ピヨピヨサンダル）虽无属性加成，但装备后角色行走会发出独特音效。
角色转职系统与隐藏职业是另一大秘密。战士纹章（せんしのほこり）藏在王宫队员休息室的墙壁徽章处，让斧兵装备后可转职为同时使用斧剑的双武器兵种。黑魔法师通过隐秘村庄书架上的秘诀书（おうぎのしょ）可转职为召唤魔法师。白魔导士使用火之球或光明之玉能转职为格斗士，装备拳套后战斗力显著提升。这些转职道具的获取路径隐蔽，例如火之球需在计时战场村庄左上方树林特定位置触发。
计时战场是游戏中最神秘的练级区域。进入需在隐秘村庄左下方屋外的榕树拐角处，按照特定顺序输入方向指令：下、下、右、右、上、右、右、右、下、右、右、上、上，再一直向右移动。战场中央的魔法之光（きばうのひかり）可恢复全员MP，左上角敌人魔法师持有的加满HP宝物（だめぐのおめ）可通过控制敌人反复获取。此处还能找到生命戒指（いのちのリング），装备后每回合自动回复5点HP。
隐藏剧情与特殊武器进一步丰富了游戏深度。阿基里斯之剑（アキレスのかたな）需在哈布鲁村大树前使用符咒触发地道获取，战斗中释放闪电效果。黄铜骑士塔洛斯之剑（タロスのけん）仅能通过原装卡带选择控制敌人获得，虽无法装备但可释放大范围闪电攻击。盲眼少年的加入需先招募弓骑士玛琪露达，再与村长反复对话才能触发后续剧情。这些设计将游戏叙事与机制紧密结合。
游戏的防御机制和秘籍也包含隐藏逻辑。物理攻击防御需在敌人行动时按住右键，成功格挡可完全抵消伤害。魔法攻击则需输入特定方向指令组合以减少伤害，例如按下、右、左、上后再按下键可使皮特受魔法伤害降低90%。开机时输入上、下、上、下、左、右、左、右、上、右、下、左、上等指令可激活设定模式，解锁特殊强化或自动战斗功能。
这些隐藏内容的设计体现了游戏对探索与策略的深度要求。从道具获取到角色培养，每个环节都需要玩家结合环境调查、剧情推进和战斗技巧。这种多层次的秘密体系让光明与黑暗2：古代封印在MD时代成为角色扮演游戏的标杆之作。
