清籁岛上的谜题主要集中在沉船机关、石板解密、继电石摆放和雷霆探针等几个关键点。沉船机关的核心在于调整船舵方向，使四个机关稍长的边围成长方形，触发木板破碎后进入船底探索。船底区域需跟随仙灵指引完成多次翻牌解密，注意按固定顺序操作可获得钥匙和雷神瞳。继电石解谜需在船底找到三个继电石，按特定位置摆放连通电路，最终开启山洞铁栅栏门击败怪物完成挑战。
石板解密分布在岛上的四个点位，需以火把为参照物点亮对应石板。第一处需点亮与提示石板相同的方块；第二处需点亮互补石板形成完整图案；第三处需观察石碑提示异相共照，点亮与提示石板暗亮相反的方块；第四处需结合附近雷灵干扰因素调整点亮顺序。完成全部石板解密后可解锁益智海域成就并获得宝箱奖励。部分石板被雷屏障阻挡，需先获取雷种子穿越结界。
雷霆探针解谜需注意雷灵干扰和屏障阻挡。海祗岛区域有三处探针群，其中第二处需用雷种子进入屏障内调整探针方向；第三处需同步追踪两个雷灵轨迹。清籁岛区域的五座雷霆探针解谜最为复杂，需先解除中央雷方碑封印，再依次校准被雷灵影响的探针方向。建议携带北斗或提前获取雷种子提高解谜效率，完成所有探针校准后可获得精致宝箱。
旧宝任务需先完成前置剧情并收集岛民石碑。石碑通过与NPC对话或探索获取，使用元素视觉观察石碑图案后，按同相同光异相共照等提示将石碑放置指定位置。地下机关需进行两次不同顺序的踩踏解密，第二次解谜需按箭头路径连续触发八个地格。最终宝藏含原石、武器突破材料和角色升级资源，注意部分石碑位置受地形限制需攀爬或飞行抵达。
清籁逐雷记系列任务需按阶段完成镇石封印。其四任务中，上层镇石旋转两次、下层旋转两次为通用解法，若状态混乱则需根据纸垂数量重新校准。最终需击败雷音权现BOSS，建议使用冰系或火系角色克制雷属性攻击。战斗时注意躲避范围技能，利用相位之门快速移动可提高生存率。任务奖励包含成就无法传达的恋波及珍贵宝箱，完成全部阶段后清籁岛雷暴天气将永久解除。
