赤壁之战作为游戏的核心剧情，存在不少让玩家感到困惑的设计。其中最明显的是华容道、乌林、葫芦口这三个关键地点在游戏中根本没有独立地图，而是直接用荆州大陆的现有场景拼凑而成。玩家会发现这些地名只是随意圈出的区域，连基本的地形特征都没还原，比如华容道本应是狭窄山谷，游戏里却变成普通山地。更不合理的是，剧情强调华容道是曹操回洛阳的必经之路，但游戏地图显示两地隔着大片水域，这种空间错乱让人摸不着头脑。
虽然周泰、黄盖等吴将的数据明确标注了水属性优势地形，但实际流程中几乎没安排像样的水战场景。玩家队伍始终招募不到擅长水战的武将，导致水龙计等技能完全沦为摆设。更费解的是，明明借东风环节需要乘船前往日本风格的岛屿，但这段跨海航行却没有任何水上战斗，只是简单用剧情动画带过。这种虎头蛇尾的设计让期待水上对决的玩家感到遗憾。
借东风环节的魔改设定同样令人困惑。原著中诸葛亮筑坛作法的桥段被简化成寻找魔法书，而获取方式竟是前往具有日本风情的岛屿求助日巫女。这个完全架空的剧情线不仅突然引入卑弥呼等日本历史人物，还要求玩家在毫无提示的情况下调查特定角度的松树才能获得关键道具。这种强行混搭东西方奇幻元素的处理方式，与游戏整体的三国史诗氛围显得格格不入。
游戏要求玩家收集硝石和老树枝制作火药，但历史上火药直到唐朝才用于军事。更离谱的是，硝石竟出现在长江边的山洞里，与真实产地汉中相距甚远。而老树枝的获取方式更让人无语——必须正对特定NPC背后的松树调查，偏一度都无法触发。这种违背常识的设计没有给玩家任何提示，很容易卡关。
这位东吴重臣竟会迷路到新野被曹军俘虏，而救援任务又莫名其妙地安排在江夏剧情线。更违是，游戏为让刘备离队强行安排刘琦称病让贤，这种生硬的剧情转折明显是为系统机制服务的妥协。玩家能明显感觉到编剧在历史改编和游戏性之间的挣扎痕迹。
虽然部分设计可能是受限于当时的技术条件，但地理错乱、系统矛盾等问题确实影响了叙事连贯性。不过这些特色也成为了老玩家们津津乐道的回忆点，毕竟在信息不发达的年代，解开这些谜题本身就像一场跨越时空的冒险。
