通关四之岛的关键在于完成前置任务并获取必要道具。首先需在一周目通关后收集至少60种宝可梦图鉴，找大木博士升级为全国图鉴。随后前往一之岛的灯火山，击败右侧两名火箭队成员，进入山洞取得红宝石。将红宝石交给一之岛精灵中心的NPC，换取七岛通行证，之后在枯叶市码头乘船即可选择前往四之岛。
四之岛的主要剧情围绕火箭队残党展开。登岛后会在洞窟深处遇到科拿与火箭队成员，击败他们后得知被捕获的宝可梦关押在五之岛仓库。需返回五之岛仓库输入密码，密码可通过六之岛的迷宫获取。在六之岛的绿色小径尽头洞穴中，按上、左、右、下路线取得蓝宝石，虽会被抢走但能获得第二段密码。
五之岛仓库的密码需结合灯火山听到的第一段密码与六之岛获得的第二段密码。输入后进入仓库击败火箭队首领，解散残余势力并夺回蓝宝石。随后将蓝宝石带回一之岛交给NPC，解锁关都与七岛的通讯功能。此步骤是推进四之岛后续探索的必要条件。
四之岛的隐藏内容集中在岛屿北部的训练师之塔与特殊洞穴。训练师之塔可挑战高等级对手提升战斗经验，而洞穴内需利用推石头机制解锁未知图腾捕捉区域。完成主线后返回水蓝市，华蓝洞窟的超梦捕捉为可选内容，不影响四之岛通关进度。
整个流程需注意宝可梦队伍的合理搭配，推荐携带具备冲浪、怪力等秘传技能的工具宠。四之岛的地形与敌人强度较高，建议提前准备恢复道具并保存进度。若遇到卡关，可反复挑战训练师提升等级或调整队伍属性克制关系。
